《打黑重案组》故事发生在南方市，当地的公安局打黑重案组遭遇到一桩棘手案件。在破案过程中，重案组受到各种各样的阻挠，案件侦破几度中断。但公安局长和乾警们不为困难所阻，不顾自己和家人所遭受的苦痛，坚持调查最终查清案情，一举打掉了南方市的黑恶组织。　　2006年初秋，滨州市、香港乔氏地产公司驻滨州市项目代表郑天京被人在住所谋杀，他的尸体当晚被埋进了工地垃圾堆中……　　市公安局长陆啸天(卢奇饰)命刑警支队重案组长刘英来(祝延平饰)率重案组成员姚晃(吴樾饰)、依蔓(李依蔓饰)和飞飞(马丁诺饰)赶到案发现场投入侦查工作。重案组严格对死者死亡时间保密，发现死者与龙心集团董事长张伟及其部属有密切联系。张伟出身黑社会团伙，掌控滨州市黑白两道……　　同时，被刘英杰逮捕的杀手大脚(李槐龙饰)从服刑地新疆脱逃，潜回滨州市，被老大张伟窝藏起来。大脚仇视刘英杰，打算干掉刘英杰……重案组民警李晓(于龄童饰)和派出所民警联手捉拿大脚，大脚老奸巨滑溜掉。张伟得知大脚出外生事，将他训斥一顿，命他在密室上网，不准外出……。到了与中国基地方向分岔的地方，凌风派来的九名进化者犹豫了一下，最后跟上方素的队伍向泰国人所在的国土局而去，他们害怕离开方素等人的保护后会再被人猴困住，与其冒险不如跟着越南人去泰国基地，只要能生存下去，……