新学期开始，美墨渚和雪城穗乃香成为菲诺奈学院女子中学部三年级学生，过着普通女孩的校园生活。　　而梅普鲁、米普鲁和保伦在上次战斗后陷入了漫长的沉睡。　　此时，在光之园，在激战后受了伤的女王分裂成数个部分，消失在远处。与此同时，渚和穗乃香遭到了萨凯那的袭击。　　突然，梅普鲁和米普鲁苏醒过来，两人使用新的变身器再一次变身成为“光之美少女”，不仅衣服改变了，而且力量居然也提升了！？　　为了让失去了记忆和原本姿态的女王恢复原样，渚和穗乃香以及苏醒后力量得到提升的梅普鲁、米普鲁和保伦，将与不可思议的少女・九条光一起展开新的故事。　　光之美少女们能够让女王恢复原来的样子吗？。顾独行嗫嚅了一下，道：“这事儿，全怪我！天机计划是好好的，但我就是一时间有些不服气，然后有些不满，导致了差点儿万劫不复！是我的错！”……