花咲蕾是一个热爱花卉、非常了解花卉知识的初二学生。某天，随着父母搬家来到“希望花市”的途中，花咲蕾做了一个奇怪的梦，梦中的她站在一棵名为“心之大树”的树前，看着光之美少女与暗之美少女战斗并被打倒，而大树上的花朵瞬间全都枯萎了，此时有只妖精从树中窜出，蕾也从梦中惊醒了。不料某天放学后，梦中出现的妖精竟然出现在她的眼前，并希望花小蕾可以成为传说中的战士“光之美少女”，来帮忙打倒敌人，让人类之心的源头“心之大树”可以再恢复到之前繁花盛开的模样，并让大家的“心之花”绽放而战。但蕾犹豫了。就在此时，不明的敌人出现了，并将魔爪伸向了同班好友来海绘里香。为了拯救好友，花咲蕾决定要成为光之美少女。之后，好友来海绘里香、学生会长明堂院树以及曾将的光之美少女月影百合纷纷加入进来，和蕾一起成为了光之美少女，为拯救“心之大树”，粉碎沙漠使徒征服世界的野心而战斗。他叹了一口气：“以我的所知，原本……在这周围，应该还有另外无数棵生命古树的，然而，在漫长的岁月中，一一湮灭了……”……