在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！。皇上忽然除掉孙妃必定是发现了端倪，为今之计只有赶紧通知四皇子，让他做好逼宫的准备。索性龙鳞卫和内宫已被四皇子渗透，太子也将手中人脉尽数交予四皇子，其中不乏掌管京畿防务的重臣。……