在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间，巨大的墙壁突然出现！故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分，并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。挡在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天才物理学者变身为假面骑士Build，阻挡在Smash的面前！。夜里的市郊外，这里是曾发生过鬼差事件的培训基地，现在早已经被封锁了，里面的人员早就撤离了出去，然而今天夜晚杨间却再次故地重游，他回到了这空无一人的培训基地，站在最高的一栋大楼的楼顶上，黑暗笼罩了他的身……